この時期、私が知り得る範囲でのアドバイスです。
もし自然科学の分野で博士号をとって研究職を目指すなら、英語で書かれている雑誌の中でも「インパクトファクター」という値が高い雑誌に、より多く論文を載せている先生の研究室に行きましょう。
日本は、たとえばアメリカと違って、大学という組織によるランキングが幅を効かせています。ですが本当に自然科学が好きなのでしたら、その精神は万国共通です。インパクトファクターが高い雑誌に論文をたくさん載せている先生なら、日本で不遇であったり、あまり有名でない大学におられても、世界にシンパを持っています。その先生を介して、あなたは世界のどこでも通用する実力を身につけることができます。
逆に、日本では名の通った大学の教授であっても、インパクトファクターが高い雑誌に全然論文がない先生も、今の日本にはいたりします。要注意です。その先生の時代はそれでも教授になれたかもしれませんが、このご時世でもそうかと思うかどうかは、あなた次第です。